Une collectivité peut-elle considérer comme perdus des congés qu’un agent n’a pas pu prendre parce qu’il était malade, en congé lié à des responsabilités familiales ou empêché par les nécessités du service ?

Le Conseil d’État vient de rappeler que la réponse ne peut pas être automatique. En annulant certaines dispositions du décret du 21 juin 2025 relatif au report et à l’indemnisation des congés annuels non pris dans la fonction publique, la haute juridiction impose aux employeurs territoriaux une vigilance accrue.

Le décret de 2025 avait été pris pour mettre le droit français en conformité avec le droit européen. Depuis une directive européenne de 2003, les agents empêchés de prendre leurs congés, notamment pour raison de santé, doivent pouvoir les récupérer. Il a fallu plus de vingt ans pour que ce principe soit pleinement intégré au droit français.

Le texte de juin 2025 prévoyait qu’un agent, quel que soit son statut, puisse reporter ses congés lorsqu’il n’avait pas été en mesure de les prendre pour raison de santé, accident de service ou de travail, maladie professionnelle, ou en raison d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales.

Ce report était possible pendant quinze mois à compter de la reprise des fonctions. Passé ce délai, les congés étaient considérés comme perdus, sauf décision exceptionnelle du chef de service. Le décret ouvrait aussi droit à une indemnité compensatrice en fin de relation de travail, par exemple en cas de départ à la retraite ou de démission. Pour un agent rémunéré 2 000 euros brut, cette indemnité représente environ 100 euros par jour de congé non pris.

Deux lacunes ont conduit le Conseil d’État à censurer le texte. Première difficulté : l’information des agents. Le décret ne prévoyait pas explicitement que l’employeur devait informer chaque agent du nombre de jours pouvant être reportés ni de la date limite à laquelle ces congés devaient être pris. Or cette information est obligatoire.

Pour les collectivités, la conséquence est importante. Il ne suffit pas d’appliquer mécaniquement le délai de quinze mois. L’agent doit savoir combien de jours il peut encore prendre et jusqu’à quelle date. L’absence d’une telle information pourrait empêcher l’extinction automatique des droits.

Deuxième difficulté : les nécessités de service. Le décret listait plusieurs motifs permettant le report des congés, mais il ne mentionnait pas le cas d’un agent qui n’a pas pu les prendre parce que son employeur les lui a refusés pour assurer la continuité du service.

Le Conseil d’État a considéré que cette situation devait également ouvrir droit au report des congés non pris. Autrement dit, lorsqu’un agent a été empêché, pour des raisons liées à l’intérêt du service, de prendre ses congés annuels avant la fin de l’année civile, ses droits ne peuvent pas être simplement éteints.

Pour les employeurs territoriaux, la décision impose donc un suivi plus rigoureux des droits à congés. Les jours non pris doivent être identifiés, les agents informés, et les reports organisés lorsque l’absence de congé résulte d’un empêchement reconnu.

Ce rappel vaut particulièrement dans les petites collectivités, où la continuité du service repose souvent sur peu d’agents et peut conduire à différer des congés. Dans ce cas, les jours non pris ne peuvent pas disparaître en fin d’année sans que l’agent ait été informé de ses droits.

Le Conseil d’État rappelle ainsi qu’un agent empêché de prendre ses congés ne peut être privé de ses droits du seul fait de sa situation ou des nécessités du service. Les employeurs territoriaux devront veiller à en assurer le suivi et à informer les agents concernés des délais qui leur sont applicables.